$order = array('sort' => 'asc'); 

$tmp = 'sort'; 

$rsUsers = CUser::GetList($order, $tmp); 
 

while($arUser = $rsUsers->Fetch()){ 

    CUser::Delete($arUser['ID']); 

}; 

Использовать нижеприведенный код из места, где доступно API Битрикс (PHP). Суть процедуры в том, что удаление идет по всем пользователям, но те, у которых есть заказы данным методом не удаляются – возвращается ошибка о наличии связи. В итоге база очищается от зарегистрированных, но не делавших заказы пользователей.
Перед использованием рекомендуется сделать резервную копию базы данных.
Проверялось на Управление сайтом 20.0.1650. (версия модуля интернет-магазин 20.0.687)