Пример изменения свойства в заказе через API 1С-Битрикс (php) – доступно из любого скрипта с подключенным PROLOG, проверялось на Управление сайтом 20.0.1650. (версия модуля интернет-магазин 20.0.687)
<?php
use Bitrix\Sale;
$orderId = 1; // ID изменяемого заказа
$propertyId = 1; // ID свойства, которую нужно изменить
$order = Sale\Order::load($orderId);
$propertyCollection = $order->getPropertyCollection();
$property = $propertyCollection->getItemByOrderPropertyId($propertyId);
print '<pre>'; print_r($certNumber->getValue()); print '</pre>';
$property->setValue('test'); // здесь устанавливаем значение
$order->save();