Для того, чтобы изменить шаблон счета из уже предустановленной платежной системы в интернет-магазине на базе CMS 1с-Битрикс, необходимо скопировать файлы шаблона счета из папки:
/bitrix/modules/sale/handlers/paysystem/<имя_платежной_системы>/template/
в локальное пространство шаблона сайта:
/local/templates/<шаблон_сайта>/payment/<имя_платежной_системы>/template/ 

Обычно шаблон счета содержит файл template.php, а также вспомогательные и языковые файлы, далее со скопированным шаблоном можно производить необходимые изменения.